Die „Anordnung des Bundespräsidenten über die Dienstflagge der Seestreitkräfte der Bundeswehr“ (BPräsFlaggenAnO) vom 25. Mai 1956, wurde im Bundesgesetzblatt, Teil III, Gliederungsnummer 1130-5 (Textnachweis Geltung ab: 1. Januar 1964) veröffentlicht. Darin heißt es:[1]
(1) Als Dienstflagge der Seestreitkräfte der Bundeswehr bestimme ich die Bundesdienstflagge in der Form eines Doppelstanders.
(2) Die der Stange abgewendete Seite der Flagge ist gezackt. Der Scheitel des rechtwinkligen Einschnittes liegt in der Mitte des roten Feldes. Der Abstand des Scheitelpunktes vom Bundesschild ist etwas geringer als der Abstand des Bundesschildes von der Stange.
Die Beflaggung der Schiffe und Boote ist in der Marinedienstvorschrift (MDv) 161/1 „Flaggen-, Salut- und Besuchsordnung für Schiffe/Boote der Bundeswehr (FlaSBO)“ in der Fassung vom 28. November 2005 geregelt. Sie enthält Bestimmungen über das Führen von Flaggen nach den internationalen Gebräuchen an Bord von Kriegs- und Hilfsschiffen der Marine. Für Landdienststellen der Marine gilt die Zentralrichtlinie A2-2630/0-0-3 „Militärische Formen und Feiern der Bundeswehr“ (ehemals ZDv 10/8).
Die Dienstflagge der Seestreitkräfte und die Bundesdienstflagge werden in verkleinerter Form auf den zu ihrer Führung berechtigten Schiffen und Booten als Gösch (Bugflagge) gesetzt. Kriegsschiffe, die landfest oder verankert sind, setzen die Dienstflagge der Seestreitkräfte an Gösch und Heck von 07:00 Uhr im Sommerhalbjahr April bis September beziehungsweise 08:00 Uhr im Winterhalbjahr Oktober bis März bis Sonnenuntergang, spätestens bis 20:00 Uhr. Kriegsschiffe in Fahrt führen stets, auch bei Dunkelheit, die Dienstflagge der Seestreitkräfte an der Gaffel, bzw. dem Signalmasten. Gösch und Heck werden nach Beendigung „Leinen los“ oder „Anker auf“ niedergeholt und im selben Moment die Gaffelflagge vorgeheißt (gehisst).[2]
Zivil besetzte Hilfsschiffe der Marine führen die normale Bundesdienstflagge.
„Anlässlich der Übernahme der ersten Boote von den Amerikanern in Bremerhaven hielt ich eine Ansprache; dann wurde die Bundesflagge gehisst: Schwarz-Rot-Gold mit dem Bundesadler im Wappenschild in der Mitte. Als Unterschied von der Bundesdienstflagge hatte ich auf eigene Faust angeordnet, dass die Flagge gezackt war wie die der nordischen Kriegsmarinen. Dazu hat sich niemals jemand geäußert …“
Bereits von 1946 bis 1949 gab es durch Anordnung des Alliierten Kontrollrat im KontrollratsgesetzNr. 39[4] das alle deutschen (Handels-)Schiffe zur Identifikation die internationale Signalflagge des Buchstabens „C“ mit einem dreieckigen Ausschnitt zu führen hätten, den sogenannten C-Doppelstander. Die Farben blau, weiß und rot repräsentieren dabei die Nationalfarben der vier Alliierten: Vereinigte Staaten, Vereinigtes Königreich, Frankreich und die Sowjetunion. Dieser Stander durfte auf See nicht gegrüßt werden, bzw. es durften ihm keine Ehrenbezeugungen erwiesen werden.