Papst Pius X. ernannte Dougherty am 21. Juni 1908 zum Bischof von Jaro auf den Philippinen. Papst Benedikt XV. berief ihn in seine amerikanische Heimat zurück und ernannte ihn am 9. Dezember 1915 zum Bischof von Buffalo. Am 1. Mai 1918 wurde Dougherty zum Erzbischof von Philadelphia ernannt und am 10. Juli desselben Jahres in das Amt eingeführt.
In den 1930er Jahren lud er die Ordensgemeinschaft der Missionsärztlichen Schwestern (engl.: Medical Mission Sisters (MMS)) nach Philadelphia ein, wo sie dann schließlich 1964 ihren Hauptsitz in Nordamerika gründeten.[1]
Er starb am 31. Mai 1951 in Philadelphia und wurde in der dortigen Kathedrale bestattet. Sein Neffe war der Bischof von Scranton, Joseph Carroll McCormick.
Literatur
H. J. Nolan: Cardinal Dougherty: an appreciation. In: Records of American Catholic Historical Society of Philadelphia, LXII (1951), 135–141