Boubakeur gilt – neben dem Imam Hassen Chalghoumi in Drancy bei Paris und dem Mufti Soheib Bencheikh aus Marseille – als ein Vertreter des „liberalen“ säkularen Islam in Europa.[1] Er „gehört zu den Euro-Muslimen, die nicht nur europäische Verfassungen sowie die Trennung zwischen Religion und Politik bejahen, sondern auch den Mut haben, die 'im Namen des Islam' verübten Blutmassaker in seiner Ursprungsheimat Algerien offen auf der Basis eines aufgeklärten Islam zu verurteilen“[2] Boubakeur hat sich wiederholt gegen die Vollverschleierung der Muslimin ausgesprochen[3] sowie gegen demonstrative Minarette und Muezzinrufe. Boubakeur fordert, dass „die Muslime sich der europäischen Gesellschaft weiter öffnen müssen“.[4]
Für seine Haltung wurde er mehrfach von islamischen Extremisten mit dem Tode bedroht[5] und wurde deshalb unter Personenschutz gestellt.[6]
2015 schlug er im Radio vor, angesichts des Mangels an Gebetsräumen für Muslime könnten manche der leer stehenden Kirchen Frankreichs in Moscheen umgewandelt werden.[7] Der Schriftsteller Denis Tillinac veröffentlichte daraufhin einen Aufruf unter dem Titel Hände weg von meiner Kirche.[8] Offener für die Anregung Boubakeurs zeigten sich der Bischof Michel Dubost und der Schriftsteller Pierre Daum.[9]
