Ursprünglich gehörte der Tempel zur Shingon-shū und war in der Nähe des Dorfes Nonoichi (野々市) in der Provinz Kaga um 1261 vom lokalen Feudalherren Togashi Iehisa (富樫家尚) erbaut worden.[1][2]
Infolge des sogenannten Streits um die Nachfolge in der dritten Generation innerhalb der Sōtō-shū verließ Tettsū Gikai (徹通義介; 1219–1309) den Eihei-ji und bezog mit Hilfe des ehemaligen Daruma-shū-Anhängers Chōkai sowie der Unterstützung durch einen befreundeten Zweig der Fujiwara-Familie den Daijō-ji (um 1292). Wegen Gikais guter Beziehungen zur Shingon-shū erhielt er bald die Erlaubnis, den Tempel zu einem Zen-Kloster zu konvertieren, was im Jahr 1293 geschah.[3] In den folgenden Jahrzehnten entwickelte sich der Tempel zum Zentrum der mittelalterlichen Sōtō-Bewegung in Japan.[4]
1303 wurde Keizan Jōkin nach der Abdankung Gikais zweiter Vorsteher am Daijō-ji und entfaltete während seiner Amtszeit von hier aus starke Aktivitäten in den nordöstlichen Provinzen des Landes. Sein Nachfolger wurde Meihō Sotetsu (明峰素哲; 1277–1350).[5]
Im Jahr 1697 wurde der Tempel unter der Schirmherrschaft der Familie Toda, deren Oberhäupter mächtige Gefolgsleute der Familie Maeda stellten, an seinen jetzigen Standort verlegt.[2] Die 1702 fertiggestellte Buddhahalle (仏殿, Butsuden) wurde am 2. Juni 1983 zu einem Wichtigen Kulturgut Japans ernannt.[6]
