Die Vorrunde wurde in Gruppenbegegnungen ausgetragen. Es gab vier Gruppen, von denen eine aus neun und die anderen drei aus jeweils acht Mannschaften bestanden. Bei der Einteilung der Gruppen wurden regionale Aspekte der Vereine berücksichtigt. Die Mannschaften innerhalb derselben Gruppe trafen nur jeweils einmal aufeinander, wobei die unterklassige Mannschaft grundsätzlich Heimrecht hatte. Lediglich beim Spiel der Gruppe 2 zwischen den Gallos Blancos de Hermosillo und den UAG Tecos wurde das Heimrecht letztendlich getauscht. Auch in jedem Gruppenspiel musste es einen Gewinner geben, der im Falle eines Remis nach der regulären Spielzeit im Elfmeterschießen ermittelt wurde. Die vier Gruppensieger qualifizierten sich für das Halbfinale, das ebenso wie das Finale im K.O.-Verfahren in jeweils nur einer Begegnung entschieden wurde.
Vorrunde
Die Begegnungen der Vorrunde wurden zwischen dem 28. Juni und dem 28. Juli 1996 ausgetragen. Das in den Tabellen angegebene Torverhältnis berücksichtigt nicht das zur Ermittlung eines Siegers herangezogene Elfmeterschießen.
1 Toluca gewann das Spiel gegen Morelia mit 2:1, doch wegen des Einsatzes eines gesperrten Spielers (Antonio Taboada) wurde das Spiel am grünen Tisch mit 0:2 gewertet.
