Comberouger liegt etwa 26 Kilometer südwestlich von Montauban. An der nordwestlichen Gemeindegrenze verläuft das Flüsschen Tessonne, das hier zu einem kleinen See aufgestaut ist. Umgeben wird Comberouger von den Nachbargemeinden Saint-Sardos im Norden, Bouillac im Süden und Osten, Beaumont-de-Lomagne im Westen sowie Vigueron im Westen.