Clifford war vom 29. Februar 1968 bis 20. Januar 1969 Verteidigungsminister der USA. Er behielt im Wesentlichen die Strategie seines Vorgängers Robert McNamara in Vietnam bei. 1989 wurde Clifford in die American Academy of Arts and Sciences gewählt. 1963 bis 1968 stand er dem Intelligence Advisory Board des US-Präsidenten vor.