Der Cigüela entspringt etwa 6 km nordöstlich des Ortes Abia de la Obispalía in der Provinz Cuenca; von dort fließt er in südwestlicher Richtung. Von Bewässerungskanälen (acequias) begleitet passiert die Ruinen der römischen Stadt Segobriga; streckenweise ist der Fluss auch selbst begradigt worden. Beim Ort Arenas de San Juan quert eine Römerbrücke den Fluss. Dieser mündet im Nationalpark Tablas de Daimiel, ungefähr 8 km nordwestlich der Kleinstadt Daimiel, in den Guadiana.
