Eine Zusammenarbeit verbindet Wyneken mit Musikhochschulen in Deutschland, Japan, Polen und den USA. Er war Gastprofessor an der Musikhochschule "Musashino" in Tokio/Japan und leitete Konzertprojekte des Hochschulorchesters mit anschließenden Konzertreisen durch die Musikzentren Japans. In Bangkok dirigierte Christoph Wyneken Projekte des Südostasiatischen Studentenorchesters SAYOWE. Seit den 2010er Jahren ist Christoph Wyneken Dozent des Idyllwild Festivals in Los Angeles.
2009 folgte er erstmals einer Einladung an die Musikhochschule USC in Los Angeles. Christoph Wyneken leitet sowohl professionelle als auch Studenten- und Jugendorchester. Er hatte Dirigate mit den Berufsorchestern Radiophilharmonie des NDR Hannover, das Berner Sinfonieorchester, das Philharmonische Staatsorchester Halle, die Breslauer Philharmoniker, die Stuttgarter Philharmoniker, das Stuttgarter Kammerorchester, die Schlesische Philharmonie.
