Er hat mehrere Lyrikbände, Romane, Hörspiele und Theaterstücke verfasst. Zudem ist er als Herausgeber tätig und betreut die Lyrikseite in TOPIC – Das junge Magazin.
In seinen Arbeiten knüpft Christoph W. Bauer an literarische Traditionen ebenso an wie an den Tonfall moderner Popkultur. Persönlichkeiten aus dem literarischen Leben wählt er dabei oft zu Paten seines Schaffens, wie zuletzt in seinem Gedichtband mein lieben mein hassen mein mittendrin du (2011) den römischen Dichter Gaius Valerius Catullus. In diesem Band kommt auch Guido Cavalcanti, mit dessen Werk Bauer sich bereits in seinem Prosadebüt Aufstummen (2004) beschäftigt hat, eine programmatische Rolle zu. Im Hörspiel Und immer wieder Cordoba (2006) ist es Ibn Hazm, dem sich Bauer widmet, als Vorlage für das Theaterstück Miles G. (2006) verwendet er den Miles Gloriosus der römischen Dichters Plautus. Auf Einladung des Literaturhaus am Inn gestaltete Bauer zudem mehrere Porträts, vorrangig von Lyrikerinnen und Lyrikern des 20. Jahrhunderts (Hilde Domin, Nelly Sachs, Rose Ausländer, Soma Morgenstern, Bruno Schulz)[1].
Seine Lyrik versteht Bauer auch als den Versuch des Weiterschreibens vorgegebener Traditionen, sich selbst bezeichnet er als poeta legens, der in den Werken der Weltliteratur lesend jene Stoffe findet, die er in unverwechselbarem Tonfall abwandelt, erneuert, weiterdenkt. So steht sein Lyrikband mein lieben mein hassen mein mittendrin du. Eine Liebesgeschichte in 37 Gedichten (2011), dem Niklas Holzberg ein Nachwort beigesteuert hat, zum einen im Zeichen des römischen Dichters Catull, verweist durch Zitate aber auch auf Musikstücke der Band Die Toten Hosen. Ähnlich konzipiert Bauer auch seine vorangegangenen Lyrikbände, im 2005 publizierten Band supersonic. logbuch einer reise ins verschwinden thematisierte er den Tod und dessen literarische Gestaltung in der Geschichte der Poesie. Die lange Tradition der Brunnengedichte fand Niederschlag in Bauers 2003 erschienenem Zyklus fontanalia.fragmente. Letzterer wurde 2002 in der Rezitation von Peter Simonischek im Rahmen des Projekts S[PR]ING.BRUNNEN im Arkadenhof von Schloss Tanzenberg erstmals dem Publikum präsentiert.
Seinem Prosadebüt Aufstummen ließ Bauer 2007 das erste von drei Büchern folgen, in denen er sich mit der Geschichte seines derzeitigen Wohnorts Innsbruck beschäftigt. Formal zeigt auch Im Alphabet der Häuser (2007) einen Rückgriff auf antike Traditionen. In Form eines platonischen Dialogs durchstreift Bauer die wechselvolle Historie der Tiroler Landeshauptstadt. Der Mord am jüdischen Kaufmann Richard Graubart beim Novemberpogrom 1938 in Innsbruck wird zum Ausgangspunkt für Bauers 2008 erschienenes Buch Graubart Boulevard. In der Erzählung Der Buchdrucker der Medici (2009) begibt sich Bauer anhand eines Innsbrucker Buchdruckers auf einen Spaziergang durch die Geschichte des Buchdrucks.
Neben Hörspielen, Theaterstücken, Liedertexten und Libretti verfasst Bauer auch Essays, Kolumnen und Rezensionen, die in diversen Zeitungen, Zeitschriften und Anthologien veröffentlicht sind. 2010 erschien in Zusammenarbeit mit Reinhold Embacher sein erstes Jugendbuch Mord in Carnuntum.
