Bei den Kongresswahlen des Jahres 1884 wurde Dougherty im zweiten Wahlbezirk von Florida in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 4. März 1885 die Nachfolge des RepublikanersHoratio Bisbee antrat. Nach einer Wiederwahl konnte er bis zum 3. März 1889 zwei Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Nach seinem Ausscheiden aus dem US-Repräsentantenhaus nahm Dougherty seine frühere Tätigkeit als Pflanzer wieder auf. Zwischen 1891 und 1912 war er mehrfach Abgeordneter im Repräsentantenhaus von Florida. Von 1895 bis 1898 gehörte er auch dem Staatssenat an. Er starb am 11. Oktober 1915 in Daytona Beach.