Depéret war zunächst über zehn Jahre (ab 1877) Militärarzt zuerst in Algerien und dann in Sathonay. 1888 wurde er Dozent (Chargé du cours) in Marseille und ab 1889 war er Professor für Geologie in Lyon (Faculté des Sciences) und Doyen der Faculté des Sciences in Lyon.
Depéret befasste sich mit dem Tertiär des Rhonetals und dessen fossilen Säugern. Bekannt war er für sein Werk La transformation du monde animale (1907, deutsche Ausgabe 1909). Darin unterstützt er unter anderem Copes Gesetz (welches deshalb manchmal auch zusätzlich nach ihm benannt ist). Von ihm stammen zehn Blätter der geologischen Karte Frankreichs. Bekannt ist er auch für archäologische Arbeiten zur Vorgeschichte, besonders in Solutré. Er unterstützte die umstrittene Authentizität der prähistorischen Funde von Glozel.[1]