Houdar de La Motte war ein Sohn des Verwaltungsbeamten Louis-Antoine de La Motte und dessen Ehefrau Marie-Marguerite Le Dée; der Schriftsteller Antoine Houdar de La Motte war ein entfernter Verwandter.
Als Napoleon Bonaparte 1798 seine Invasion Ägyptens plante, stellte er Houdar de La Motte für verschiedene Aufgaben frei. Nach der Kapitulation Maltas am 11. Juni blieb Houdar de La Motte auf Malta und sollte u. a. die erbeuteten Fahnen des Malteserordens nach Frankreich bringen. Noch in Sichtweite der Insel wurde sein Schiff von der Royal Navy aufgebracht und er selbst gefangen genommen.
Während des zweiten Koalitionskriegs kam Houdar de La Motte im Juli 1799 frei und konnte nach Frankreich zurückkehren. Im Rang eines Colonels wurde er von General Baraguey d’Hilliers sofort wieder in dessen Stab aufgenommen.
1805 wechselte Houdar de La Motte in gleicher Stellung zu General Louis-Vincent-Joseph Le Blond, Comte de Saint-Hilaire und kämpfte unter dessen Befehl bei Austerlitz (2. Dezember 1805). In der Schlacht von Jena (14. Oktober 1806) wurde Houdar de La Motte getötet und fand seine letzte Ruhestätte am Rande des Schlachtfelds.
