Der kränkelnde und an Sansibar wenig interessierte Ali hatte Chalifa 1911 die Regentschaft überlassen, den Sultanstitel aber behalten und sich nach Frankreich zurückgezogen, wo er 1918 starb. Chalifa setzte sich gegen zwei Thronbewerber durch – gegen Alis 1907 geborenen Sohn Sayyid Saud ibn Ali und gegen den 1896 gestürzten, aber weiterhin vom Deutschen Reich unterstützten Sultan Chalid ibn Barghasch.
An der Seite der Kolonialmacht Großbritannien führte Chalifa am 5. August 1914 das Sultanat Sansibar in den Ersten Weltkrieg gegen das Deutsche Reich und am 20. August gegen Österreich-Ungarn, woraufhin der deutsche Kreuzer Königsberg am 20. September 1914 einen im Hafen von Sansibar liegenden britischen Kreuzer angriff und versenkte. Auch in den Zweiten Weltkrieg führte Chalifa das Sultanat auf britischer Seite gegen Deutschland. In beiden Weltkriegen hatte Deutschland Ansprüche auf Sansibar erhoben.
Obwohl Chalifa 1927 die beratende Versammlung durch ein Parlament ersetzt hatte, änderte es an der Allmacht des britischen Vertreters im Lande nicht viel. Im Laufe seiner langen Regentschaft erhielt er zahlreiche Auszeichnungen von der britischen Kolonialmacht, so wurde er z. B. 1935 Knight Grand Cross des Order of the British Empire, 1936 des Order of St. Michael and St. George und 1956 des Order of the Bath.[1]
