Carl Waagen wurde als Sohn des Malers Friedrich Ludwig Heinrich Waagen (1750–1825) und seiner Frau Johanna Louise Alberti († 1807) geboren, sein älterer Bruder war der Kunstgelehrte Gustav Friedrich Waagen (1794–1868). Er studierte an der Akademie in Dresden und der Akademie in Prag, die Freskomalerei erlernte er ab 1820 an der Münchner Akademie.[1] In Breslau arbeitete Waagen als Bildnismaler und danach zwei Jahre als Restaurator am Berliner Museum. Nach einem Aufenthalt in Rom von 1827 bis 1828 ließ er sich in München nieder.
Die Grabstätte von Carl Waagen befindet sich auf dem Alten Südlichen Friedhof in München (Gräberfeld 33 – Reihe 7 – Platz 33/34) Standort48.12602511.563777777778.[2]
In dem Grab ist auch Waagens Frau Nanette Schechner sowie deren Töchter Anna und Marie begraben.[3]