Die Série A startete am 25. Juli 1998 in ihre neue Saison und endete am 23. Dezember 1998. Die Meisterschaft wurde vom nationalen Verband CBF ausgerichtet. Um die Größe der Liga wieder anzupassen mussten am Saisonende vier Mannschaften absteigen, da die Liga in der Saison 1999 um zwei Mannschaften verkleinert werden sollte.
Während des Wettbewerbs trafen alle 24 Vereine der Série A anhand eines vor der Saison festgelegten Spielplans einmal. Die besten acht Mannschaften trafen danach in einer KO-Runde nochmals in einer Partie aufeinander. Die KO-Runde und das Finale wurden nach der Regel "Best of three" ausgespielt. Die Abschlusstabelle inklusive der Ergebnisse aus den KO-Spielen, wurde zur Festlegung der Qualifikation für die internationalen Wettbewerbe herangezogen.
Nach der Saison wurden wie jedes Jahr Auszeichnungen an die besten Spieler des Jahres vergeben. Der „Goldenen Ball“, vergeben von der Sportzeitschrift Placar, ging an Edílson vom Meister SC Corinthians. Torschützenkönig mit 21 Treffern wurde Viola vom FC Santos.
