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Burlington entstand ab 1800 aus der Siedlung Craig's Camp, nachdem 1799 (bei dem ersten County Court in Boone County) der Entschluss gefasst wurde, den Verwaltungssitz dorthin zu verlegen. Die neu entstehende Gemeinde erhielt erst den Namen Wilmington, wurde jedoch später auf Bitten der Post und um Verwechslungen auszuschließen 1816 in Burlington umbenannt.