Bruno Henrique begann seine Karriere in seiner Geburtsstadt bei Cruzeiro Belo Horizonte. Im Januar 2012 wurde er an den Uberlândia EC verliehen, der ihn im Sommer 2013 auch fest verpflichtete. Im Januar 2014 wurde er für ein Jahr an den Itumbiara EC verliehen. Im Januar 2015 wechselte Bruno Henrique zum Erstligisten Goiás EC, für den er im Mai 2015 in der Série A debütierte.
Am 29. Januar 2016 wechselte Bruno Henrique in die Bundesliga zum VfL Wolfsburg, bei dem er einen bis Juni 2019 laufenden Vertrag unterschrieb.[1] Am 6. April 2016 bestritt er sein Startelfdebüt im Hinspiel des Champions-League-Viertelfinals gegen Real Madrid, das der VfL Wolfsburg mit 2:0 gewann.
Nach der Hinrunde der Saison 2016/17 kehrte Bruno Henrique in seine Heimat zurück und schloss sich dem FC Santos an.[2] Bei dem Klub etablierte er sich sofort als Stammspieler. Die Saison 2017 begann für ihn problematisch. Die Saison 2018 begann für ihn problematisch. Im ersten Pflichtspiel der Saison gegen den CA Linense in der Staatsmeisterschaft von São Paulo am 17. Januar wurde er am rechten Auge verletzt.[3]
Im August 2019 wurde Bruno Henrique von Trainer Tite erstmals für die brasilianische Nationalmannschaft nominiert, als er für den Kader für die Freundschaftsspiele gegen Peru und Kolumbien berufen wurde.[5] Im Spiel gegen Kolumbien am 5. September 2019, wurde er in der 80. Minute für Philippe Coutinho eingewechselt.[6]
Verdacht auf Wettmanipulation
2024 geriet Bruno Henrique ins Visier der brasilianischen Strafverfolgungsbehörden. Der Stürmer von Flamengo Rio de Janeiro wird verdächtigt, Ende 2023 im Spiel gegen FC Santos eine zentrale Rolle bei einer mutmaßlichen Wettmanipulation gespielt zu haben.[7]