1991 holte ihn der damalige Präsident Günter Eichberg als Jugendmanager zum FC Schalke 04 zurück.[2][3] Die Nachwuchsarbeit lag zu dieser Zeit bei den meisten Vereinen, so auch bei Schalke, weitestgehend brach. Menze führte in Gelsenkirchen professionelle Strukturen ein. Mit Manfred Dubski, Norbert Elgert, Lothar Matuschak und weiteren Trainern installierte Menze hauptamtliche Kräfte, die zum Erfolg der Schalker Jugendarbeit in den kommenden Jahren stark beitrugen.[4] 1993 initiierte er eine Zusammenarbeit mit der Gesamtschule Berger Feld, um die Schul- und Fußballausbildung der Nachwuchstalente enger zu koordinieren. Ein Jahr später entstand in Kooperation mit dem LSB NRW und dem NRW-Innenministerium das „Talentförderprojekt Gelsenkirchen“. 2007 wurde die Gesamtschule Berger Feld unter der Leitung des Schulleiters Georg Altenkamp als erste Schule in NRW vom DFB als Eliteschule des Fußballs ausgezeichnet.[5]
Von 1996 bis 2009 befasste sich Menze mit dem Aufbau der Knappenkids-Camps. Sie waren Vorläufer der heutigen FC-Schalke04-Fußballschule.[7] Die Knappenkids-Camps wurden in Duisburg-Wedau (1996–2009), auf Sylt (2008–2009) und in Dubai (2009) jeweils eine Woche lang mit 96 Teilnehmern (Duisburg/Sylt) und 23 Teilnehmern (Dubai) durchgeführt. 2009 ist das „Trainingskonzept der Schalker Knappenkids“ erschienen. Dieses wurde Grundlage der Präsentation zahlreicher Ideen der Nachwuchsförderung auf nationalen und internationalen Trainerkongressen.[8]
Neben seiner Tätigkeit bei Schalke 04 war Bodo Menze als Vize-Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft Nachwuchsleistungsförderung in der European Club Association tätig.[9] Bis zum 31. Dezember 2013 war er Administrativer Leiter des Schalker Nachwuchsleistungszentrums (seit 2012 „Knappenschmiede“). Parallel dazu war er als Vorsitzender des Liga-Ausschusses des Westdeutschen Fußballverbandes (WDFV) Mitglied des WDFV-Präsidiums. 2010–2012 war er als Sprecher der Fußball-Regionalliga West Mitglied im DFB-Spielausschuss. Für die langjährige Tätigkeit im Regionalverband verlieh ihm der WDFV 2019 die silberne Ehrennadel. Von 2006 bis Juli 2019 war er in seinem Verein für den Bereich „Internationale Beziehungen und Verbände“ zuständig.[10][11] Seit 2016 gehört er dem Vorstand der Stiftung Schalker Markt an,[12] die sich die Revitalisierung der Stadtteile Schalke und Schalke-Nord zum Ziel gesetzt hat. Seit der Saison 2020/21 fungiert er als Schirmherr beim Aufbau der Mädchen- und Frauenfußballabteilung.
