Das Bistum Taubaté wurde am 7. Juni 1908 durch PapstPius X. mit der Apostolischen KonstitutionDiocesium Nimiam Amplitudinem aus Gebietsabtretungen des Erzbistums São Paulo errichtet und diesem als Suffraganbistum unterstellt. Am 4. Juli 1924 gab das Bistum Taubaté Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Sorocaba ab. Eine weitere Gebietsabtretung erfolgte am 31. Juli 1937 zur Gründung des Bistums Lorena. Das Bistum Taubaté gab am 19. April 1958 Teile seines Territoriums zur Gründung des Erzbistums Aparecida ab, dem es als Suffraganbistum unterstellt wurde. Weitere Gebietsabtretungen erfolgten am 9. Juni 1962 zur Gründung des Bistums Mogi das Cruzes und am 30. Januar 1981 zur Gründung des Bistums São José dos Campos.