Das Bistum Guaxupé wurde am 3. Februar 1916 durch PapstBenedikt XV. aus Gebietsabtretungen des Bistums Pouso Alegre errichtet. Am 11. Mai 1968 gab das Bistum Guaxupé Teile seines Territoriums zur Gründung der Territorialabtei Claraval ab. Diese Territorialabtei wurde am 11. Dezember 2002 wieder aufgelöst und das Territorium wurde dem Bistum Guaxupé angegliedert.
Das Bistum Guaxupé ist dem Erzbistum Pouso Alegre als Suffraganbistum unterstellt.