Das Bistum Bissau wurde am 4. September 1940 durch PapstPius XII. mit der Apostolischen KonstitutionSollemnibus Conventionibus aus Gebietsabtretungen des Bistums Santiago de Cabo Verde als Mission sui juris Portugiesisch-Guinea errichtet. Die Mission sui juris Portugiesisch-Guinea wurde am 29. April 1955 durch Pius XII. zur Apostolischen Präfektur erhoben. Am 1. Januar 1975 wurde die Apostolische Präfektur Portugiesisch-Guinea in Apostolische Präfektur Guinea-Bissau umbenannt.
Die Apostolische Präfektur Guinea-Bissau wurde am 21. März 1977 durch Papst Paul VI. mit der Apostolischen Konstitution Rerum catholicarum zum Bistum erhoben und in Bistum Bissau umbenannt.[1] Am 13. März 2001 gab das Bistum Bissau Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Bafatá ab.