1991 versuchte sich Bill Duke wieder als Regisseur. Nachdem er 1985 für den Fernsehfilm The Killing Floor mit dem Special Jury Prize beim Sundance Film Festival ausgezeichnet wurde, hatte er es hinter der Kamera ruhiger angehen lassen. Sein Drama Harlem Action lief unter anderem im Wettbewerb in Cannes. 1993 drehte er mit Sister Act 2 – In göttlicher Mission den Nachfolger der erfolgreichen Komödie Sister Act mit Whoopi Goldberg. 2003 bekam Duke einen Black Reel Award für den Fernsehfilm Deacons for Defense.
Nachdem er sich Mitte der 1990er Jahre als Schauspieler zurückzog, ist er seit 1998 wieder vermehrt vor der Kamera zu sehen.