Zum 1. Juni 2004 wechselte Lindemann zurück nach Berlin, wo er als Nachfolger von Jan Kelch Direktor der Gemäldegalerie wurde. 2007 wurde er zusätzlich Direktor der Skulpturensammlung und des Museums für Byzantinische Kunst.[1] An der FU Berlin lehrte er seit dem Wintersemester 2004/05 als Honorarprofessor für Kunstgeschichte. Im Juli 2016 trat er in den Ruhestand.
Veröffentlichungen (Auswahl)
Ferdinand Tietz 1708–1777. Studien zu Werk, Stil und Ikonographie. Weißenhorn 1989 (Dissertation).
Bilder vom Himmel. Studien zur Deckenmalerei des 17. und 18. Jahrhunderts. Worms 1994 (Habilitationsschrift).