Ein großer Teil des Waldes wurde bereits für die Landwirtschaft und die Abholzung gerodet, besonders in den dicht besiedelten Ländern Ruanda und Burundi, doch bleiben weite Teile des Waldes noch in Waldnaturschutzgebieten und auf höheren Lagen in Gebirgszügen, darunter Virunga, Itombwe und Ruwenzori. Die Rodung des Waldes findet fortlaufend statt und ist eine große Bedrohung der Umweltsituation der Region sowie der Funktion der Wälder als bedeutende Kohlenstoffspeicher.[1] Die gewaltsame neuere Geschichte hat auch der ökologischen Balance geschadet, und zum Beispiel fast die Bevölkerung des Elefanten im Nationalpark Virunga im Kongo eliminiert.
KiwuseeGoma gegenüber Gisenyi und der Ausgangspunkt des Besuchs des Nationalpark Virunga und Bukavu gegenüber Cyangugu und in der Nähe des Nationalpark Kahuzi-Biéga, der Heimat von Berggorillas ist, aber aufgrund des Konflikts in der Region bedroht ist (siehe Zweiter Kongokrieg).