Nach dem Architekturstudium an der ETH Zürich mit Diplom 1952 gründete Huber 1954 zusammen mit seiner Frau Martha Huber-Villiger ein Architekturbüro in Zürich. Das Büro war durch eine Vielzahl von Kirchenbauten der reformierten Kirche und durch soziale Einrichtungen in der ganzen Deutschschweiz und in Deutschland hervorgetreten. Dabei zeichneten sich seine Entwürfe oft durch die einfache und stringente Umsetzung einer klaren Entwurfsidee aus. Für die Kirche im Suteracher und für die Provisorien auf dem Hönggerberg wurde ihm jeweils der Preis für gute Bauten der Stadt Zürich verliehen, für die Sanierung seines Elternhauses in Riehen, des Hauses Huber, 1930 als eine Ikone des Neuen Bauens von Paul Artaria und Hans Schmidt errichtet, erhielt er 1993 eine Auszeichnung des Heimatschutzes Basel.[5]
Aus seiner Beschäftigung mit der Gestaltung des öffentlichen Raumes ergab sich auch seine Lehrtätigkeit. Ordentlicher Professor für Städtebau und Raumplanung war er von 1973 bis zur Emeritierung 1993 an der ETH, 1985 nahm er eine Gastprofessur an der TU Dresden wahr. Huber hat ein umfangreiches schriftliches Werk verfasst, neben seinem oft aufgelegten Lehrmittel zum Städtebau waren dies weitere städtebauliche und architekturtheoretische Schriften. Zu Beginn seiner Karriere war er von 1955 bis 1961 leitender Redaktor der Zeitschrift Werk und nach seiner Emeritierung Verlagsleiter der Zeitschriften SI+A und IAS. Er gehörte zu den Gründungsmitgliedern der Zürcher Arbeitsgruppe für Städtebau (ZAS), die sich ab 1959 mit Aktionen und Gegenvorschlägen zu offiziellen Planungen in die städtebauliche Diskussion Zürichs einschaltete, beispielsweise in die Planung des Stadtzürcher Sihlraums.
Zeichensäle der ETH, Provisorium, Zürich, ETH Hönggerberg 1987 (mit Atelier 3, R. Bolli und P. Gerber)
Bibliothek für Blinde und Sehbehinderte, Druckerei und Verlagsgebäude, Zürich-Albisrieden 1988 (mit Atelier 3, R. Bolli und P. Gerber)
Alters- und Pflegeheim, Niederurnen, 1991
Restaurierung Wohnhaus Huber, Arch. Artaria und Schmidt, Riehen BS, 1993
Schriften
(mit Jean-Claude Steinegger, Herausgeber): Jean Prouvé: Architektur aus der Fabrik. Artemis: Zürich 1971
Raumplanung und Städtebau. Lehrmittel für Orts-, Regional- und Landesplanung, Vieweg + Teubner, Wiesbaden 1994
(mit Hans Boesch): Der Fussgänger in der Siedlung. vdf, Verlag der Fachvereine, Zürich 1993
(mit Karin R. Lischner, Hans Boesch und Christian Süsstrunk): Siedlungsstruktur und Aussenraum. vdf, Verlag der Fachvereine, Zürich 1993
Die Stadt des Neuen Bauens, Projekte und Theorien von Hans Schmidt. vdf, Verlag der Fachvereine, Zürich 1993
Das Haus Huber in Riehen: 1929 erbaut von den Architekten Artaria & Schmidt – Materialien, Bezüge und Personalien zur Baugeschichte. Zürich: GTA Verlag 2004
(Herausgeber): Watakushi no Tōkyō : 1953/2013 = Mein Tokio. Texte verschiedener Autorinnen und Autoren, Fotos von Martha Villiger-Huber und Naomi Hanakata, edition esefeld & traub, Stuttgart 2013