Benedetto Giustiniani stammte aus einem genuesischenPatriziergeschlecht und wurde auf der Ägäis-Insel Chios geboren, die zu dieser Zeit unter genuesischer Herrschaft stand.[1] Er war der Sohn von Giuseppe Giustiniani († 9. Januar 1600)[1] und dessen Ehefrau Girolama Giustiniani, seine Mutter war eine Schwester des Kardinals Vincenzo GiustinianiOP.[2] Die Familie verließ im Januar 1569 Chios, das 1566 von den Osmanen erobert worden war, und kehrte nach Italien zurück. Über Venedig und Genua gelangten sie schließlich nach Rom.[1] Benedetto Giustiniani studierte Rechtswissenschaften an den Universitäten von Perugia, Padua und Genua, wo er 1577 zum Dr. iur.promoviert wurde. PapstGregor XIII. gewährte ihm dieselben Benefizien, die bereits sein verstorbener Onkel innegehabt hatte. Im Jahre 1581 wurde Giustiniani Referendar an den Tribunalen der Apostolischen Signatur und 1582 Abbreviator. Am 2. Mai 1585 wurde er Kleriker der Apostolischen Kammer, ab Mai 1585 war er Generalschatzmeister.[2]
Wegen der häufigen Sedisvakanzen in der Zeit zwischen 1590 und 1592 und der damit einhergehenden Hungersnöte verschärfte sich das Problem des Banditentums. Seit dem Herbst 1590 mehrten sich die Versuche von Banditen, über die Grenze zum Königreich Neapel in die Marken sowie in die römische Campagna vorzudringen, und während des Sommers verstärkten sie ihre Bemühungen noch weiter. Im August 1590 schrieb der Kastellan von Civitella del Tronto, einer Festung an der Grenze zum Königreich Neapel, einen dringenden Brief an den Kardinal und bat ihn, Maßnahmen gegen die Banditen zu ergreifen, aber auch gegen die örtliche Bevölkerung, die sich mit ihnen zu verbünden schien.[1]
Am 7. Januar 1591 wurde Giustiniani zum Kardinalpriester erhoben und erhielt die TitelkircheSan Marcello. Er wurde am 30. Januar desselben Jahres zum Legaten in den Marken dem Innozenz IX. als Papst hervorging. Ebenso nahm er 1592 am Konklave teil, das Kardinal Aldobrandini als Clemens VIII. auf den Stuhl Petri brachte. Mit letzterem ging Giustiniani 1598 nach Ferrara und wurde dort zum Präfekten der Kongregation für die Bischöfe und Regularen ernannt. Am 17. März 1599 wechselte er zur Titelkirche Santa Prisca. Im März 1605 wr er Teilnehmer des ersten Konklave von 1605, bei dem Leo XI. zum Papst gewählt wurde; im Mai desselben Jahres nahm er auch am zweiten Konklave des Jahres teil, das in der Wahl von Papst Paul V. mündete. Vom 25. September 1606 bis zum August 1611 war er Legat in Bologna. Er wechselte am 17. August 1611 zur Titelkirche San Lorenzo in Lucina und wurde Kardinalprotopriester.[2]
In Bologna ging Giustiniani 1611 gegen den DominikanerbruderTommaso Caccini (1574–1648) vor, der eine Verleumdungskampagne gegen Galileo Galilei inszenieren und diesen durch den Büttel zum Widerruf zwingen lassen wollte. Der Vorfall trat im Januar 1615 zutage, als der Mönch, der in den Adventspredigten die Gelegenheit genutzt hatte, die kopernikanische These der Erddrehung zu bestreiten und deren Unvereinbarkeit mit dem Buch Josua herauszustellen, einen Brief Galileis an Benedetto Castello öffentlich machte und Anschuldigungen vorbrachte, die den Weg für den ersten Prozess gegen den Wissenschaftler bereiteten. An dieser Stelle schritt Giustiniani ein, um die Exzesse des ehrgeizigen Dominikaners zu bändigen, und es entfuhr ihm, was sich in Bologna zugetragen hatte und was Caccini wirklich gesagt hatte, was wiederum wesentlich dazu beitrug, ihn zum Schweigen zu bringen.[1]