Der Anhänger des Derwisch-Ordens der Bektaschi schloss 1923 seine Schulausbildung in Shkodra ab und setzte anschließend seine weitere Ausbildung an einer von Italienern geleiteten Schule in Istanbul fort. Nach seiner Rückkehr nach Albanien trat er 1927 als Soldat in die Artillerie-Schule von Tirana ein und leistete Militärdienst bis zu seiner Entlassung wegen angeblich subversiven Verhaltens im Jahr 1935.
Er gehörte dem aus 118 Personen bestehenden Antifaschistischen Rat der nationalen Befreiung an, der im Mai 1944 vom Kongress von Përmet als Übergangsparlament gewählt wurde und den Kommunisten zur Machtübernahme verhalf. Nach der Gründung der Volksrepublik Albanien am 11. Januar 1946 wurde er Abgeordneter der Volksversammlung (Kuvendi Popullor) und gehörte dieser von der ersten Legislaturperiode bis zum 4. Februar 1955 an. Zeitweise war er auch Mitglied des Präsidiums der Volksversammlung und damit des kollektiven Staatspräsidiums.
Zunächst wurde er Minister für den Wiederaufbau, wurde aber kurz darauf zum Generalleutnant befördert und zum Generalstaatsanwalt ernannt. In dieser Funktion war er zunächst für die Organisation von Sondergerichten und bald danach für Verfahren gegen hochrangige Parteifunktionäre wie Koçi Xoxe zuständig.
Auf dem 1. Parteitag der PPSh wurde er im November 1948 zum Mitglied des Politbüros gewählt und gehörte diesem bis März 1952 an.
Am 24. Juli 1953 wurde er Minister für Erziehung und Kultur in der Regierung von Ministerpräsident Enver Hoxha[4] und bekleidete dieses Amt bis zu seiner Ablösung durch Ramiz Alia 1955.
Grund für seine Entmachtung im Februar 1955 war der von Enver Hoxha gemachte Vorwurf des Revisionismus.[5] Zwei Wochen danach folgte seine Verhaftung und der Ausschluss aus der Partei sowie im Anschluss die Internierung[6] mit seiner Familie in Elbasan.
1956 fand unter der Leitung von Beqir Balluku eine Parteikonferenz in Tirana statt, auf der Gegner Hoxhas um die Generale Panajot Plaku und Dali Ndreu und dessen Ehefrau Liri Gega den Sturz von diesem und dem neuen Ministerpräsidenten Mehmet Shehu planten. Auf dieser Sitzung forderten zahlreiche Delegierte auch Informationen über das Schicksal von Koçi Xoxe, Tuk Jakova, Bedri Spahiu und anderer prominenter Parteimitglieder und deren Rehabilitation.
Am 1. Juni 1957 wurde Spahiu zu 25 Jahren Freiheitsstrafe verurteilt, die er zunächst in Kanina und ab Januar 1958 in Tirana verbüßte. Kurz nach seiner Entlassung im Oktober 1974 wurde er erneut verhaftet und befand sich daraufhin bis zum 10. Mai 1990 in der Internierung in Selenica.