Der Verein wurde im Jahr 1990 gegründet. In der Saison 1992/93 nahm die Männermannschaft an der dritten ungarischen Liga teil, konnte die Klasse aber nicht halten. Mit einem zweiten Platz in der folgenden Saison kehrte sie in die NBII zurück. Nach einem zweiten Rang in der Spielzeit 1994/95 gelang ein Jahr darauf die Meisterschaft und der Aufstieg in die zweite ungarische Liga (NBI/B). Nach elf Jahren gelang Balatonfüred in der Saison 2006/07 der Aufstieg in die NBI. Im ersten Jahr belegte man den 10. Platz, seither kam man immer unter die ersten sieben Mannschaften. 2012, 2014 und 2022 wurde man Dritter. In der Saison 2016/17 stellte Balatonfüredi KSE mit Mátyás Győri den Torschützenkönig der NB1.[1]
Im ungarischen Pokal erreichte die Mannschaft in der Saison 2009/10 den dritten Platz und durfte in der folgenden Saison erstmals im Europapokal, Europapokal der Pokalsieger, antreten, in dem sie im Achtelfinale ausschied. Anschließend nahm sie mehrfach am EHF-Pokal teil, in dem zweimal die Gruppenphase erreicht wurde. Dort traf BKSE im EHF-Pokal 2013/14 auf die MT Melsungen und im EHF-Pokal 2018/19 auf die Füchse Berlin. Alle vier Begegnungen mit deutschen Teams gingen verloren.
Bisherige Namen
1990–1995 Balatonfüredi SC
1995–1996 PEVA Balatonfüredi SC
1996–2002 Balatonfüredi SC
2002–2007 Balatoni KC
2007–2009 Balatonfüredi SC
seit 2009 Balatonfüredi KSE
Bisherige Trainer
1992–1993 István Salamon
1993–1997 János Nagy
1997–1998 Tamás Erdélyi, Tibor Burka, Imre Bodor, Barna Bradanovits, Szilárd Kiss
