Wie entsprechende Funde zeigen, ist die Gegend seit prähistorischer Zeit besiedelt. 1884 kam das Siedlungsgebiet der Bafia mit Kamerun unter deutsche Kolonialherrschaft. Die militärische Unterwerfung und Integration in die deutschen Verwaltungsstrukturen erfolgte erst im März 1911 durch die „Bafia-Expedition“ und die Errichtung des gleichnamigen selbständigen Militärpostens am Don i tison. Seine Aufgabe bestand in erster Linie in der Entwaffnung der Bevölkerung. Im September 1912 wurde er wieder aufgehoben. Der deutsche Militärposten befindet sich mehrere Kilometer südwestlich von der heutigen Stadt Bafia entfernt.
1920 wurde das Gebiet von Bafia französisch. Erst unter französischer Verwaltung entstand die heutige Stadt als Verwaltungszentrum. Seit 1960 ist sie Teil der unabhängigen Republik Kamerun, hatte aber noch 1976 weniger als 20.000 Einwohner.
Government High School of Bafia: "Bafia Classic und Modern High School"
