Die Mission sui juris Baku wurde am 11. Oktober 2000 aus Gebietsabtretungen der Apostolischen Administratur Kaukasien errichtet. PapstJohannes Paul II. besuchte im Mai 2002 die kleine katholische Gemeinde Aserbaidschans. Benedikt XVI. erhob am 4. August 2011 mit der BulleDe iuvandis die Mission sui juris zur Apostolischen Präfektur, die den Namen Apostolischen Präfektur Aserbaidschan erhielt. Der erste Apostolische Präfekt, Vladimir Fekete SDB, wurde im Dezember 2017 von Papst Franziskus in den Bischofsrang erhoben.