Anja Franke ist die Tochter von Holger Franke, der 1973 das Berliner Kinder- und Jugendtheater „Rote Grütze“ mitbegründete, in dem Anja Franke später auch mitspielte. Sie wuchs in einer 13-köpfigen Wohngemeinschaft auf, in der sich Schauspieler und Regisseure trafen.
Gemeinsam mit ihrem langjährigen Freund und ehemaligen Lebensgefährten Dani Levy entwickelte sie die Drehbücher für zwei Kinofilme, übernahm mit die Regie und spielte jeweils eine Hauptrolle in Du mich auch und in RobbyKallePaul.
Einem größeren Fernsehpublikum in Deutschland wurde sie durch die Rolle der Senta Kurzweg in der Fernsehserie Liebling Kreuzberg an der Seite von Manfred Krug bekannt. Neben einigen Kinofilmen Ende der 1980er Jahre war Anja Franke in der Folge überwiegend für das Fernsehen tätig. So war sie u. a. in den Serien Polizeiruf 110 und Bis in die Spitzen zu sehen.
2004 spielte sie die Jana in dem Film Alles auf Zucker! von Dani Levy und ihrem Vater.
Seit September 2011 (Folge 1106) spielt sie in der ARDTelenovelaRote Rosen die deutsch-niederländische Blumenhändlerin, Geschäftsfrau und Hobbypilotin Merle Vanlohen.
Sie ist Mutter einer Tochter (* 2001).
Preise und Auszeichnungen
1987: Max-Ophüls-Publikumspreis
1990: Deutscher Darstellerpreis Chaplin-Schuh des Bundesverbandes deutscher Film- und Fernsehregisseure e. V. als beste Nachwuchsschauspielerin