Zwischen 1962 und 1965 nahm Angelo Innocent Fernandes als Konzilsvater an allen vier Sitzungsperioden des Zweiten Vatikanischen Konzils teil. Mit dem Tod von Joseph Alexander Fernandes am 16. September 1967 folgte er diesem als Erzbischof von Delhi nach. Er bekleidete das Amt bis zu seiner Emeritierung am 19. November 1990.