Von 2000 bis 2001 war Andherson Franklin Lustoza de Souza als Pfarradministrator der PfarreiSenhora Sant’Ana in Apiacá tätig. 2001 wurde er für weiterführende Studien nach Rom entsandt, wo er 2004 an der Päpstlichen Universität Gregoriana ein Lizenziat erwarb und 2009 mit der Arbeit Nova criação em Cristo: estudo exegético-teológico de Gl 6,11–18 e 2 Cor 5,11–21 („Neuschöpfung in Christus: exegetisch-theologische Studie zu Gal 6,11–18 und 2 Kor 5,11–21“) im Fach Biblische Theologiepromoviert wurde. Nach der Rückkehr in seine Heimat wurde Andherson Franklin Lustoza de Souza Pfarrer der Pfarrei Sagrado Coração de Jesus in Itaipava. Ab 2016 war er Pfarrvikar der Pfarrei Nosso Senhor dos Passos in Cachoeiro de Itapemirim.[1]
Neben seiner Tätigkeit in der Pfarrseelsorge lehrte Andherson Franklin Lustoza de Souza ab 2009 am Instituto de Filosofia e Teologia da Arquidiocese de Vitória, an der Escola Diaconal Santo Estevão in Cachoeiro de Itapemirim und am Instituto Teológico Dom Hermínio Malzone Hugo in Governador Valadares. Zudem war er von 2016 bis 2021 Diözesankoordinator für die Pastoral und gehörte ab 2019 dem Priesterrat und dem Konsultorenkollegium des Bistums Cachoeiro de Itapemirim an.[1]