Seit dem 14. November 1959 war er Sekretär der Kongregation für die orientalischen Kirchen und wurde von Papst Johannes XXIII. am 12. August 1961 zum Kardinalstaatssekretär ernannt und von Papst Paul VI. zwei Tage nach seiner Wahl zum Papst 1963 im Amt bestätigt. Papst Paul VI. berief ihn darüber hinaus am 7. Mai 1968 zum Präsidenten der Administratio Patrimonii Sedis Apostolicae, der Güterverwaltung des Apostolischen Stuhls.
Kardinal Cicognani nahm am Zweiten Vatikanischen Konzil teil und war Mitglied der Koordinierungskommission.[1] Er galt in dieser Zeit als einer der mächtigsten Vertreter des konservativen Flügels und sprach sich gegen eine Intensivierung des interreligiösen Dialogs aus.[2]
Am 30. April 1969 trat er von seinen bisherigen Ämtern zurück. Am 24. März 1972 wurde er von Papst Paul VI. als Dekan des Kardinalskollegiums bestätigt und damit zugleich auch zum Kardinalbischof von Ostia erhoben.
Amleto Giovanni Cigognani starb am 17. Dezember 1973 in der Vatikanstadt und wurde in seiner Titelkirche San Clemente in Rom bestattet.
↑Philippe L. Roy: Cicognani. In: Michael Quisinsky / Peter Walter (Hrsg.): Personenlexikon zum Zweiten Vatikanischen Konzil. Herder, Freiburg 2012, ISBN 978-3-451-30330-2, S.78.
↑Less Ecumenism, Please. In: TIME. 12. März 1965, archiviert vom Original am 30. September 2007; abgerufen am 17. August 2024 (englisch).
↑Jean Schoos: Die Orden und Ehrenzeichen des Großherzogtums Luxemburg und des ehemaligen Herzogtums Nassau in Vergangenheit und Gegenwart. Verlag der Sankt-Paulus Druckerei AG. Luxemburg 1990, ISBN 2-87963-048-7. S. 344.