Zu Beginn des Jahres 1880 verließ er den diplomatischen Dienst und kehrte nach England zurück, von wo er jedoch schon bald zu einer Reise nach Guatemala und Honduras aufbrach, auf der er die zumeist gerade erst entdeckten archäologischen Stätten von Quirigua, Copán, Tikal, Yaxchilán, Chichén Itzá u. a. erforschte. Er ließ Gips- und Pappmaché-Abdrücke anfertigen, die er an Museen in England und den USA verschickte; außerdem machte er zahlreiche Plattenfotografien. Im Jahr 1902 veröffentlichte er weitgehend auf eigene Kosten seine Mittelamerika-Forschungen in dem bebilderten fünfbändigen Werk Biologia Centrali-Americana. Da die ererbte Maschinenbaufirma seines Großvaters Henry Maudsley zu der Zeit in Konkurs geriet, war er zwischenzeitlich nahezu bankrott. Mit seiner im Jahr 1892 geehelichten Frau Annie lebte er einige Jahre in der Kleinstadt San Ángel bei Mexiko-Stadt.
Seine Frau Annie starb im Jahr 1926; zwei Jahre später heiratete er Alice Purdon. In dieser Zeit schrieb er seine Autobiografie Life in the Pacific Fifty Years Ago. Er starb im Jahr 1931 in Hereford und wurde in der dortigen Kathedrale beigesetzt. Seine fotografischen und archäologischen Sammlungen befinden sich größtenteils im Besitz der Harvard University und des British Museum.
Schriften
Biologia Centrali-Americana: Contributions to the Knowledge of the Fauna and Flora of Mexico and Central America (Nachdruck). University of Oklahoma Press, 1983, ISBN 978-0-8061-9919-1.