Nach einem Aufenthalt im TrappistenklosterLa Trappe in Soligny schwenkte er im Jahr 1947 in seinem Schaffen auf religiöse Themen um, die er jedoch in abstrakter Weise gestaltete. Er bevorzugte leuchtende Farben mit Mosaikstrukturen, die von expressiven linearen Formzeichen überlagert wurden; von daher gelangte er auch zur Glasmalerei. So gestaltete er die Fenster der Krypta der Kirche St. Gereon in Köln, der Krypta der Essener Stiftskirche, die Fenster der Allerheiligenkirche in Basel und der Kirche Unser Lieben Frauen in Bremen. Als sein Hauptwerk gelten jedoch die Fenster der Kirche Saint Sépulcre in der nordfranzösischen Stadt Abbeville.[2]
In den 1950er und 1960er Jahren gehörte Manessier zu den wichtigsten Vertretern der École de Paris. Die Struktur seiner Malerei wurde nun lockerer bei noch intensiverer Farbgebung, wozu auch Reiseeindrücke aus der Provence, aus Spanien und aus Holland beitrugen. Das Gemälde Die Dornenkrone (1950) im Musée National d'Art Moderne steht für diese Werkphase. Ein Spanienbesuch im Jahr 1966 bewirkte eine weitere Harmonisierung und den Anfang einer Gemäldereihe im Stil der Lyrischen Abstraktion (z. B. Ländliches Fest, 1974).
Alfred Manessier zählte in Frankreich zu den Meistern der Abstraktion. In der Nacht vom 31. Juli zum 1. August 1993 erlag er im Alter von 81 Jahren den Folgen eines Verkehrsunfalls. Er wurde in seinem Geburtsort Saint-Ouen beigesetzt.
Manessier – Lumières du Nord. La Renaissance du Livre, ISBN 2-8046-0421-7 (Quelle: Kunstarchiv Werner Kittel im Zentralarchiv der Staatlichen Museen zu Berlin)
Werner Schmalenbach (Hrsg.): Alfred Manessier. Kestner-Gesellschaft, Hannover 1958.