In Zusammenarbeit mit seinem Vater gestaltete Alfred Cluysenaar die Deckenmalerei im Rathaus von Saint-Gilles mit der Allegorie der Wahrheit, der Güte und der Schönheit. In den 1860er Jahren unterstützte er seinen Vater bei einem Auftrag in Deutschland, wo sie gemeinsam das Theater in Bad Homburg vor der Höhe ausgestalteten. Danach folgten Aufenthalte in Holland und Italien. 1873 heiratete er Marie-Thérèse Cornélis, mit der er drei gemeinsame Kinder hatte.
Von der königlichen Familie, von Adligen, Finanziers und Politikern erstellte Cluysenaar zahlreiche Porträtwerke. In dem von seinem Vater errichteten Atelier in der Rue de la Source und am Institute supérieur des Beaux Arts in Antwerpen unterrichtete er ab 1866. Im Jahr 1891 wurde er Professor d’Art décoratif et monumental in der Nachfolge von Louis Jan De Taeye (1822–1890) in Antwerpen. In Saint Gilles gründete und leitete Alfred Cluysenaar die Académie Dessin. Seit 1907 trägt eine Straße in Saint-Gilles seinen Namen.
Zu seinen bekanntesten Schülern zählen unter anderem Jacques de Lalaing und Jean Delvin. Sein Nachruf erschien am 25. November 1902 in der New York Times. In diesem Artikel wurde der prominente belgische Künstler als Landschafts- und Porträtmaler bezeichnet mit einer Vorliebe für mythologische Themen.
Stil
Alfred Cluysenaar bevorzugte es, akademisch romantische Kompositionen monumental auszuführen. Seine Darstellungsweise ist ungezwungen und einfühlsam. Derrey-Capon vergleicht ihn mit Edouard Agneessens und Lievin de Winne. Cluysenaars Werke zeigen den akademischen Einfluss. Seine Malweise ist kühl und formell. In der Gazette des beaux-arts wurde 1867 von Paul Mantz auf die Affinität seiner Kartons zu den Werken Peter von Cornelius hingewiesen. Zu seinen Themen gehörten Landschaften, die er in heiterer Manier auffasste, Tierdarstellungen, orientalische Szenen und Akte.
