Von 1998 bis 2004 erschien sein WebcomicPlato's Republic.[1]
Für das Imprint KaBOOM! von BOOM! Studios ist er als Chefredakteur für die Comicserie Peanuts verantwortlich und war auch als Colorist, Letterer und Inker für die Serie tätig. Die Serie erscheint auf Deutsch bei Cross Cult.
Im Jahr 2003 begann er seine Graphic-Novel-Serie Kid Beowulf, zuerst im Selbstverlag, später dann von 2008 bis 2012 bei Bowler Hat Comics und ab 2016 bis 2018 bei Andrews McMeel Publishing; heute unter dem Label „Kid Beowulf Comics“.[2] Hier erleben der junge Beowulf und sein ungleicher Zwillingsbruder Grendel Abenteuer.
Im Jahr 2018 gewann Fajardo zusammen mit Dorothy O’Brien für Celebrating Snoopy (von Charles M. Schulz) den Eisner Award in der Kategorie Eisner Award for Best Archival Collection/Project—Strips (Beste archivalische Sammlung – Zeitungsstrips).[3]
Alexis E. Fajardo ist Editorial Director beim Schulz Studio (alter Name: Charles M. Schulz Creative Associates), das heißt, er ist weltweit verantwortlich für alle Veröffentlichungen der Charaktere der Peanuts.[4]