Bei den Kongresswahlen des Jahres 2014 wurde Mooney im zweiten Wahlbezirk von West Virginia mit 49 zu 47 Prozent der Wählerstimmen gegen den Demokraten Nick Casey in das US-Repräsentantenhaus in Washington gewählt, wo er am 3. Januar 2015 die Nachfolge von Shelley Moore Capito antrat, die in den US-Senat wechselte. Mooney wurde zwischen 2016 und 2020 drei Mal wiedergewählt. Seine aktuelle Legislaturperiode läuft bis zum 3. Januar 2023.
Nach dem Zensus 2020 verlor West Virginia einen Sitz im Repräsentantenhaus, so dass der Wahlkreis von David McKinley mit dem von Mooney zusammengelegt wurde. Der von Donald Trump unterstützte Mooney konnte sich in der Vorwahl im Mai 2022 gegen McKinley durchsetzen. Er wird am 8. November 2022 gegen den Demokraten Barry Wendell sowie die Republikanerin Susan Buchser-Lochocki antreten.[3]