Nachdem Albrecht den geistlichen Stand verlassen hatte, heiratete er die InfantinIsabella Clara Eugenia, die 32-jährige Tochter Philipps und damit seine Cousine, die ihm die Niederlande mit einem Brautschatz zubrachte, mit der Bestimmung, dass dieser an Spanien zurückfallen sollte, wenn die Ehe kinderlos bliebe. Das Paar ging in die Spanischen Niederlande, wo Albrecht ab 1599 im Titel eines Herzog von Burgund (1598) als Landesfürst regierte und zur Festigung der spanischen Herrschaft beitrug. Die Hoffnung, dass auch die abgefallenen niederländischen Provinzen sich wieder gewinnen lassen würden, schlug jedoch fehl. Am 2. Juli 1600 von Moritz von Oranien bei Nieuwpoort geschlagen, schloss Albrecht 1609 den zwölfjährigen Waffenstillstand und starb im Juli 1621 in Brüssel, kurz vor Wiederbeginn des Kriegs. Isabella Clara Eugenia blieb als Statthalterin in den Niederlanden.
Er gilt als wichtiger Mäzen der niederländischen Kunst seiner Zeit, insbesondere von Peter Paul Rubens (siehe auch Goldenes Zeitalter (Niederlande)). Am Hof Albrechts wirkten auch der italienische Komponist und Geigenvirtuose Biagio Marini sowie der Lautenist, Theorbist, Gitarrist und Komponist Giovanni Paolo Foscarini.[1] Albrecht ist der Namensgeber der zuerst in den spanischen Niederlanden geprägten, sich dann weit ausbreitenden Albertustaler.
Luc Duerloo: Dynasty and piety. Archduke Albert (1598–1621) and Habsburg political culture in an age of religious wars. Ashgate 2012, ISBN 978-0-7546-6904-3.