Nepomuceno studierte in Paris, Berlin (am Stern’schen Konservatorium) und Rom. Ab 1895 war er Orgellehrer, ab 1902 Leiter des Instituto Nacional de Música in Rio de Janeiro. Daneben leitete er ab 1896 das Orchester der Gesellschaft für Volkstümliche Konzerte.
Er komponierte eine Oper, eine Sinfonie, eine Suite brasileira, ein Klaviertrio, Klavierwerke und Lieder.