25. Dezember 1949 wurde Soegijapranata zum ersten Militärbischof der Streitkräfte Indonesiens und bekleidete diese Funktion bis zu seinem Tode am 22. Juli 1963, woraufhin Justinus Darmojuwono seine Nachfolge antrat.[4] Seinen Nachfolger und späteren Kardinal Justinus Darmojuwono hatte er 25. Mai 1947 zum Priester geweiht.[5] 1951 stattete er Flores einen Besuch ab und beklagte dabei den Unterschied zwischen den imposanten Häusern der Mission und den einfachen Hütten der Menschen.[6] Am 3. Januar 1961 wurde er nach der Erhebung zum Erzbistum zudem zum ersten Erzbischof von Semarang ernannt. Auch dieses Amt bekleidete er bis zu seinem Tode, wobei auch hier am 10. Dezember 1963 Justinus Darmojuwono seine Nachfolge antrat.[7] In dieser Zeit war er während der ersten Sitzungsperiode (11. Oktober bis 8. Dezember 1962) Konzilsvater des Zweiten Vatikanischen Konzils.[8][9]
Matthias Pulte: Das Missionsrecht ein Vorreiter des universalen Kirchenrechts: rechtliche Einflüsse aus den Missionen auf die konziliare und nachkonziliare Gesetzgebung der lateinischen Kirche, Steyler Verlag, 2006