1932 wurde er Mitarbeiter beim ägyptischen Antikendienst und war Selim Hassan in Gizeh unterstellt. 1936 wurde er zum Chefinspektor für Mittelägypten und die Oasen berufen. In dieser Funktion führte er erste Untersuchungen und Grabungen in den Senken Charga, Dachla, Farafra und Bahariyya durch. Ab 1938 war er Chefinspektor für das Nildelta und verlegte seinen Forschungsschwerpunkt auf die Sinai-Halbinsel, die Mittelmeerküste einschließlich der Oase Siwa und die Sketische Wüste (Wadi an-Natrun). Während des Zweiten Weltkriegs, vom November 1942 bis zum Oktober 1944, war er als Kurator am Ägyptischen Museum in Kairo tätig. 1944 wurde er zum Direktor der neu gegründeten Sektion „Desert Researches“ (Wüstenforschungen) berufen und setzte seine Arbeiten in Siwa, Charga und Dachla fort.
1947 führte er archäologische Feldforschungen im Jemen durch. Zwischen 1950 und 1955 leitete er die Feldforschungen in Dahschur und an der Djedkare-Pyramide in asch-Schawwāf in Saqqara-Süd. Von 1952 bis zu seiner Pensionierung 1965 war er als Professor für Geschichte des alten Ägypten an der Universität Kairo tätig. Er lehrte u. a. auch als Gastprofessor 1953–1954 an der Brown University in Providence und 1965 an der Pennsylvania State University. Nach seiner Pensionierung wandte er sich wieder den Oasen, vornehmlich der Senke Dachla, zu. Hier gelang ihm u. a. die Entdeckung der Mastabagräber der Oasengouverneure der 6. Dynastie in Balat.
Ahmed Fakhry war verheiratet. Mit seiner Frau Editha hatte er einen Sohn, 'Ali Fakhry. Sein Sohn studierte ebenfalls Ägyptologie, war aber als ägyptischer Diplomat tätig. Ahmed Fakhry starb am 7. Juni 1973 in Paris nach einer Vortragsreise an den Folgen eines Herzinfarkts.
Schriften (Auswahl)
Sept Tombeaux à l'est de la Grande Pyramide de Guizeh, 1935
Bahria Oasis, 2 Bände, 1942, 1950
Recent Explorations in the Oases of the Western Desert, 1942
Siwa Oasis : Its History and Antiquities, 1944
The Oasis of Siwa : Its Costums, History and Monuments, 1950
An archaeological journey to Yemen: (March - May, 1947), 3 Bände, 1951–1952
The necropolis of El-Bagawat in Kharga Oasis, 1951
The inscriptions of the amethyst quarries at Wadi el Hudi, 1952
Al-Yaman : Māḍiha wa Ḥāḍiruha (Jemen : seine Vergangenheit und Gegenwart), 1957
Baina Āṭār al-ʿAlam al-ʿArabī (Unter den Denkmälern der arabischen Welt), 1958
Dirāsāt fi Tārīḫ aš-Šarq al-Qadīm : Miṣr wa al-ʿIrāq, Sūrya, al-Yaman, Irān (Studien zur Geschichte des alten Orient : Ägypten und Irak, Syrien, Jemen, Iran), 1958, 1962
The monuments of Sneferu at Dahshur, 2 Bände, 1959–1961
The pyramids, 1961
The oases of Egypt ; Bd. 1: Siwa Oasis, 1973
The oases of Egypt ; Bd. 2: Bahriyah and Farafra Oases, 1974
Denkmäler der Oase Dachla. Aus dem Nachlass von Ahmed Fakhry, 1982
Literatur
Denkmäler der Oase Dachla. Aus dem Nachlass von Ahmed Fakhry. Hrsg. von Jürgen Osing (= Deutsches Archäologisches Institut, Abteilung Kairo, Archäologische Veröffentlichungen Bd. 28). von Zabern, Mainz 1982, ISBN 978-3-8053-0426-9 (S. 11–12 Vollständiges Schriftenverzeichnis von Ahmed Fakhry).
