Nach Abschluss ihrer Schauspielausbildung folgten fünf Spielzeiten an den städtischen Bühnen von Krefeld, Würzburg und Münster. Dort verkörperte Aglaia Szyszkowitz u. a. die Helena in Faust II, Viola in Was ihr wollt, das Dienstmädchen Ida in Lauf doch nicht immer weg in der Inszenierung von Meinhard Zanger und Janet in der Rocky Horror Show.
Ihr Fernsehdebüt hatte Szyszkowitz 1995 mit einer kleinen Nebenrolle in der Serie Jede Menge Leben. Ihre erste große Rolle spielte sie 1997 als Patricia in dem Thriller Buddies – Leben auf der Überholspur an der Seite von Jürgen Vogel. Der Durchbruch gelang ihr im folgenden Jahr als Filmpartnerin von Heino Ferch in der Kinokomödie 2 Männer, 2 Frauen – 4 Probleme!?, in der sie unter der Regie von Vivian Naefe eine verlassene Ehefrau darstellte.
Von 2000 bis 2013 war Szyszkowitz im ZDF bis zu zweimal jährlich als Kommissarin Jenny Berlin im Einsatz. Die ersten beiden Folgen der Krimireihe heißen auch Jenny Berlin, seit der dritten Folge lief sie unter dem Titel Einsatz in Hamburg. Ein weiterer Erfolg war der Kinderfilm Das Sams. Darin spielte Szyszkowitz die von der Hauptfigur Bruno Taschenbier (Ulrich Noethen) angehimmelte Arbeitskollegin Margarete März. Der Kinofilm gewann 2001 den Bayerischen Filmpreis.
In ihrer Heimatstadt Graz drehte Szyszkowitz 2004 die Fernsehproduktion Der Todestunnel – Nur die Wahrheit zählt, in der sie die Hauptrolle der Staatsanwältin Sabine Fink spielte. 2005 war sie als Mizzi an der Seite von John Malkovich in der internationalen Kinoproduktion Klimt unter der Regie von Raúl Ruiz zu sehen.
Aglaia Szyszkowitz ist seit 1992 mit Marcus Müller verheiratet und hat zwei Söhne.[5] Die Familie lebte bis 2024 in München in der Nähe des Prinzregententheaters,[6] inzwischen wieder in Graz.
