Die Qualifikation zum Afrika-Cup 2008 fand im Zeitraum zwischen September 2006 und September 2007 statt. 46 von 48 gemeldeten Nationalmannschaften des afrikanischen Fußballverbandes nahmen an der Qualifikationsphase teil. Die Mannschaften wurden zwölf Gruppen zugelost, elf davon mit vier und eine mit drei Mannschaften. Gastgeber Ghana war für die Endrunde gesetzt und Dschibuti zog vor Beginn der Qualifikation zurück. Letztlich qualifizierten sich neben dem Gastgeber die zwölf Gruppensieger sowie die drei bestplatzierten Gruppenzweiten der Vierergruppen.
Die drei besten Gruppenzweiten der Vierergruppen (Gruppe 2 bis 11) qualifizieren sich neben den Gruppensiegern der anderen Gruppen und Gastgeber Ghana für den Afrika-Cup 2008: