Insgesamt 51 Mannschaften meldeten sich zur Teilnahme am Afrika-Cup 2002 in Mali.
Titelverteidiger Kamerun und Gastgeber Mali waren für die Endrunde automatisch qualifiziert. Von den restlichen 49 Mannschaften hatten sieben ein Freilos für die Hauptrunde, die sieben Gruppen zu je vier Mannschaften umfasste. Die restlichen 42 Mannschaften ermittelten in einer KO-Runde mit Hin- und Rückspielen die restlichen 21 Teilnehmer der Hauptrunde. Die Gruppensieger und Gruppenzweiten der Hauptrunde qualifizierten sich für den Afrika-Cup 2002 in Mali.