Während der deutschen Besetzung Polens im Zweiten Weltkrieg konnte Sapieha das Krakauer Priesterseminar nur geheim im Untergrund weiter führen. Er brachte die Seminaristen, unter denen auch Karol Wojtyła, der spätere Papst Johannes Paul II. war, in seinem Bischofspalais unter, wo sie ihre Ausbildung fortsetzen konnten.
Am 16. Februar 1946 wurde er zum Kardinal kreiert und ihm als Kardinalpriester die TitelkircheSanta Maria Nuova zugewiesen. Im selben Jahr weihte Sapieha Karol Wojtyła in der Kapelle seines Palais zum Priester.
Sapieha starb 1951 und ist in der Bischofskrypta der Krakauer Kathedrale auf dem Schlosshügel Wawel begraben.