1632 wurde er zum Professor für Logik und Metaphysik an der Universität Greifswald berufen. 1652 wurde er Professor für Theologie und erhielt gleichzeitig das Pastorat an der Greifswalder Jacobikirche. Battus übernahm auch organisatorische Aufgaben an der Greifswalder Hochschule. So war er in den Jahren 1639, 1640/41, 1651, 1659 sowie 1671 Rektor und Kanzler der Universität.
Im Jahr 1662 wurde er unter dem schwedischen Statthalter Carl Gustav Wrangel zum Generalsuperintendenten für Schwedisch-Pommern ernannt. In dieser Funktion vertrat er die lutherische Orthodoxie und bekämpfte intensiv das Eindringen calvinistischer und sozinianischer Lehren nach Vorpommern.
Sein Sohn Bartholomäus Battus († 1673), aus erster Ehe mit Anna Erich, war Doktor der Rechtswissenschaften und Präpositus in Grimmen.