Die A-Junioren-Bundesliga 2005/06 war die dritte Saison der 2003 gegründeten A-Junioren-Bundesliga. Sie wurde wie auch die Jahre zuvor in drei Staffeln gespielt.
Am Saisonende spielten die drei Staffelsieger sowie der Vizemeister der Staffel Süd/Südwest um die deutsche Meisterschaft. Die Halbfinals wurden in Hin- und Rückspiel, das Finale in einem Spiel ausgetragen.
Die drei letztplatzierten Mannschaften der drei Staffeln stiegen in die Regionalligen ab.
Deutscher A-Juniorenmeister wurde der FC Schalke 04, der sich im Finale gegen den FC Bayern München mit 2:1 durchsetzen konnte.